A két ország között a legkorábbi kapcsolat a kereskedők és felfedezők útján zajlott. Később az 1800-as évek közepén az Egyesült Államok több képviselője utazott Japánba, hogy tárgyalásokat folytasson kereskedelmi megállapodásokról, köztük Matthew Perry kommódor 1852-ben, aki a első kereskedelmi szerződés és a Kanagawa-i egyezmény. Hasonlóképpen, egy japán küldöttség 1860-ban érkezett az Egyesült Államokba azzal a reménytel, hogy megerősíti a két ország közötti diplomáciai és kereskedelmi kapcsolatokat.
második világháború látta az országokat egymás ellen ábrázolva, miután a japánok 1941-ben bombázták az amerikai haditengerészeti bázist Pearl Harborban, Hawaii. A háború 1945-ben véget ért, miután Japán óriási okozati összefüggéseket szenvedett a atombombázás Hirosima és Nagasaki, valamint a Tokió tűzbombázása.
1945. augusztus 14-én Japán feladta a győztes Szövetséges Erők megszállását. A Japán irányításának megszerzése után az Egyesült Államok elnöke Harry Truman kinevezett tábornok Douglas MacArthur
Japánban a szövetséges hatalmak főparancsnokaként. A szövetséges erők Japán újjáépítésén, valamint a politikai legitimitás megszilárdításán dolgoztak, Hirohito császár oldalán nyilvánosan állva. Ez megengedte MacArthur a politikai rendszerben dolgozni. 1945 végére Japánban körülbelül 350 000 amerikai katona dolgozott sokféle projekten.A szövetséges irányítása alatt Japán figyelemre méltó átalakulást hajtott végre, amelyet a Japán új alkotmánya amely hangsúlyozta a demokratikus alapelveket, az oktatási és gazdasági reformot és a demilitarizálást, amelyet az új japán alkotmány beágyazott. A reformok végrehajtásával a MacArthur fokozatosan átvette a politikai irányítást a japánok felett, és az 1952-es San Francisco-i szerződés végéig telt, amely hivatalosan megszüntette a megszállást. Ez a keret a két ország közötti, a mai napig fennálló szoros kapcsolat kezdete.
A San Francisco-i szerződést követő időszakot mindkettő szoros együttműködése jellemezte országokban, ahol 47 000 amerikai katonatiszt maradt Japánban a japán meghívás alapján kormány. A gazdasági együttműködés nagy szerepet játszik az USA-val fenntartott kapcsolatokban is, amelyek Japán számára jelentős támogatást nyújtottak a háború utáni időszakokban, amikor Japán szövetségese lett a Hidegháború. A partnerség eredményeként a japán gazdaság újjáéledt, amely továbbra is a régió egyik legerősebb gazdasága.