A molekuláris vegyületek legalább kettőt tartalmaznak nemfémek (nem az ammónium-ion). Általában a molekuláris vegyületet felismerheti, mivel a vegyület nevében az első elem nem metál. Néhány molekuláris vegyület hidrogént tartalmaz, azonban ha olyan vegyületet látszik, amely H betűvel kezdődik, akkor feltételezheti, hogy sav, és nem molekuláris vegyület. Azokat a vegyületeket, amelyek csak szénatomot tartalmaznak hidrogénnel, szénhidrogéneknek nevezzük. A szénhidrogéneknek megvan a saját különleges nómenklatúrája, így más molekuláris vegyületektől eltérően kezelik őket.
A nemfémek különféle arányokban kombinálhatók, ezért fontos, hogy a molekuláris vegyület neve jelölje az egyes típusú elemek hány atomját a vegyületben. Ez előtagok segítségével valósul meg. Ha az első elemnek csak egy atomja van, akkor előtag nem kerül felhasználásra. A szokásos, hogy a második elem egyik atomjának nevének előtagja mono-. Például a CO-t szén-monoxidnak nevezik, nem pedig szén-oxidnak.
A kovalens vegyület képletét a nevéből írhatja úgy, hogy megírja az első és a második elem szimbólumait, és lefordítja az előtagokat aláírásokba. Például, a xenon-hexafluorid XF lesz
6. Gyakran előfordul, hogy a hallgatóknak nehézségeik vannak a képletek írásával a vegyületek nevéből, mivel az ionos vegyületek és a kovalens vegyületek gyakran összetéveszthetők. Nem egyensúlyba veszi a kovalens vegyületek töltéseit; ha a vegyület nem tartalmaz fémet, ne próbálja meg kiegyensúlyozni ezt!