Bizonyos régiókban, például India déli részén, a hindu királyságok a muszlim dagályt tartották, sőt még hátráltattak is. A szubkontinensen a híres közép-ázsiai hódítók invázióival is szembesültek Dzsingisz kán, aki nem volt muszlim, és Timur vagy Tamerlane, aki volt.
Ez az időszak a Mughal-korszak előfutára (1526–1857). Az Mughal Birodalom Babur, egy muzulmán herceg alapította eredetileg Üzbegisztánból. Különösen a későbbi mogulák alatt Nagy Akbar, a muszlim császárok és hindu alanyok példátlan megértést értek el, és gyönyörű és virágzó multikulturális, többnemzetiségű és vallási szempontból sokszínű államot teremtettek.
1206-ban volt mameluk Qutbubuddin Aibak nevű rabszolga meghódította Észak-Indiát és királyságot alapított. Delhi szultánnak nevezte magát. Aibak közép-ázsiai török beszélõ volt, csakúgy, mint a következõ négy delhi szultánátus alapítói. Összesen öt muszlim szultánok dinasztiája irányította Észak-India nagy részét 1526-ig, amikor Bábur leszakadt Afganisztánból, hogy megtalálja a Mughal-dinasztia helyét.
1221-ben Jalal ad-Din Mingburnu szultán menekült fővárosából, Üzbegisztán Samarkandba. Khwarezmid birodalma Dzsingisz kán előrehaladó seregeire esett vissza, apját meggyilkolták, így az új szultán délre és keletre menekült Indiába. Az Indus folyónál, a mai Pakisztánban a mongolok elfogták Mingburnu és 50 000 maradék csapata. A mongol hadsereg csak 30 000 volt erős, de a perzseket a folyóparthoz csapta és megsemmisítette őket. Lehet, hogy könnyű sajnálni a szultánt, de az apja azonnali szikrája az volt, hogy meggyilkolta a mongol követeket. elindította a mongol hódításokat elsősorban Közép-Ázsiában és azon túl.
A dél-indiai Chola-dinasztia az emberi történelem egyik leghosszabb fázisa volt. A 300-as években alapították, ez a 1250-es évig tartott. Nincs rögzített egyetlen döntő csata; Inkább a szomszédos Pandyán Birodalom egyszerűen olyan erővel és befolyással növekedett, hogy elhomályosította és fokozatosan kioltotta az ősi Chola-uralmat. Ezek a hindu királyságok elég messze voltak délre, hogy elkerüljék a Közép-Ázsiából érkező muszlim hódítók befolyását.
1290-ben a Delhi Mamluk-dinasztia esett le, és a Khilji-dinasztia emelkedett a helyére, hogy a Delhi Szultánságot uralkodó öt család második tagjává váljon. A Khilji-dinasztia csak 1320-ig hatalmon maradt.
Rövid, 30 éves uralkodásuk alatt a Khilji-dinasztia sikeresen megakadályozta a Mongol Birodalom számos behatolását. Az utolsó, döntő csata, amely befejezte a mongol indulási kísérletet Indiában, a Jalandhar csata volt 1298-ban, amelyben a Khilji hadsereg körülbelül 20 000 mongolt vágott le, és a túlélõket Indiából kivitte jó.
1320-ban egy új vegyes török és indiai vércsalád megragadta a Delhi Szultánát irányítását, kezdve a Tughlaq-dinasztia korszakát. A Ghazi Malik által alapított Tughlaq-dinasztia déli irányban terjesztette ki a Deccan-fennsíkot és először meghódította Dél-India legnagyobb részét. Ezek a területi előnyök azonban nem tartottak sokáig. 1335-re a Delhi Szultánság visszahúzódott megszokott területére Észak-Indiában.
Érdekes módon a híres marokkói utazó, Ibn Battuta a Qadi vagy Ghazi Malik bírósága iszlám bírója, aki Ghyasuddin Tughlaq trónját vette át. Nem volt kedvező hatással az indiai új uralkodóra, sajnálva a különféle kínzások ellen azok az emberek, akik nem fizettek adót, beleértve a szemük elszakadását vagy az olvadt ólmot torkukat. Ibn Battuta különösen felháborodott, hogy ezeket a szörnyűségeket mind muszlimok, mind pedig hitetlenek ellen elkövetették.
Mivel a Tughlaq hatalma gyorsan elmúlt Indiában, egy új hindu birodalom rohant kitölteni a hatalmi vákuumot. A Vijayanagara birodalom több mint háromszáz évig uralkodna Karnataka óta. Példa nélküli egységet hozott Dél-Indiába, elsősorban a hindu szolidaritáson alapulva, szemben az észak felé tapasztalt muzulmán fenyegetéssel.
Noha a Vijayanagara képes volt egyesíteni Dél-Indiát, hamarosan elvesztették a termékeny Deccan-fennsíkot, amely a szubkontinens derékán átnyúlik, egy új muszlim szultánátra. A Bahmani Szultánságot egy török lázadó alapította az Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah nevű Tughlaqok ellen. A dekcánt a Vijayanagarától távol tartotta, és szultánátja több mint egy évszázadig erős maradt. Az 1480-as években azonban a Bahmani Szultánság meredek hanyatlásba ment. 1512-re öt kisebb szultánát megszakadt. Tizenöt évvel később a központi Bahmani állam megszűnt. Számtalan csatában és harcban a kis utódállamok meg tudták akadályozni a Vijayanagar Birodalom teljes vereségét. 1686-ban azonban a könyörtelen császár Aurengzeb a mogulok meghódították a Bahmani Szultánság utolsó maradványait.
A Madurai Szultánság, más néven Ma'bar Szultánság, egy másik török uralom alatt álló régió volt, amely kiszabadult a Delhi Szultánátustól. A messze délre, Tamil Naduba épült Madurai Szultánság mindössze 48 évig tartott, mielőtt a Vijayanagara Királyság meghódította.
A nyugati naptár tizennegyedik századában vér és káosz ért véget a Delhi Szultánság Tughlaq-dinasztia számára. A vérszomjas hódító Timur, Tamerlane néven is megszállt India északi részén, és egyenként elkezdte hódítani a Tughlaq városokat. A sújtott városok lakosságát meggyilkolták, levágott fejüket piramisokba rakották. 1398 decemberében Timur elfoglalta Delit, fosztogatva a várost, és megölte lakóit. A Tughlaq-ok 1414-ig tartottak fenn hatalmon, de fővárosuk több mint egy évszázadon át nem állt helyre a Timuri terrorizmus után.