A TBE puffer (Tris-borát-EDTA) olyan pufferoldat, amely Tris-bázisból, bórsavból és EDTA-ból (etilén-diamin-tetraecetsav) áll. Ezt a puffert gyakran használják agarózgél-elektroforézishez a DNS-termékek elemzéséhez, amelyek PCR-amplifikáció, DNS-tisztítási protokollok vagy DNS-klónozási kísérletek eredményei.
TBE felhasználások
A TBE puffer különösen akkor használható, ha kisebb DNS-fragmenseket (MW <1000) szétválasztunk, mint például a restrikciós enzim emésztett. A TBE nagyobb pufferkapacitással rendelkezik és élesebb felbontást fog biztosítani, mint a TAE puffer. A TAE (trisz-acetát-EDTA) puffer Tris-bázisból, ecetsavból és EDTA-ból álló oldat.
A TBE általában drágább, mint a TAE, és gátolja a DNS ligázt, ami problémákat okozhat, ha a későbbi DNS tisztítási és ligálási lépéseket tervezik. A következő három egyszerű lépéssel megtanulhatja, hogyan lehet TBE puffert készíteni. A létrehozás nem tarthat több, mint körülbelül 30 percet.
Amire szükséged van
A TBE puffer készítéséhez mindössze négy anyagra van szüksége. A lista további elemei felszerelések. A négy szükséges anyag EDTA dinátrium-só, Trisz-bázis, bórsav és ionmentes víz.
Ami a felszerelést illeti, szükség van egy pH-mérőre és a kalibrációs szabványokra. Ezenkívül körülbelül 600 milliliter és 1500 milliliter főzőpoharak vagy lombikok szükségesek. A berendezés igényeinek kielégítéséhez mérőhengerek, keverőrudak és keverőlapok vannak.
Ellenőrizze a laboratóriumban lévő leltárt, hogy megbizonyosodjon arról, hogy minden megvan, amire szüksége van, mielőtt elkezdi. Semmi sem rosszabb, mint ha a megoldás elkészítésének közepén álljon meg, mert elfogytak a megfelelő anyagok.
Ha laboratóriuma iskolában van, vagy a munkaterületen van, ellenőrizze a megfelelő személyzetet, hogy megvan-e minden elem a készletben. Ezzel időt és energiát takaríthat meg a végén.
A képlet súlya rövidítve FW. Ez egy elem atomtömege szorozva a képletben szereplő egyes elemek atomszámával, majd összeadva az egyes elemek összes tömegét.
EDTA törzsoldat
Az EDTA-megoldást idő előtt el kell készíteni. Az EDTA nem megy teljesen az oldatba, amíg a pH-t kb. 8,0-re nem állítják be. 0,5 M EDTA 500 milliliter törzsoldatához mérjünk ki 93,05 gramm EDTA dinátrium-sót (FW = 372,2). Ezután oldjuk fel 400 ml ionmentesített vízben, és a pH-t nátrium-hidroxid-oldattal (NaOH) beállítjuk. Ezután töltsük fel az oldatot 500 ml végtérfogatra.
TBE törzsoldat
Készítsen tömény (5x) TBE törzsoldatot 54 gramm Tris-bázis (FW = 121,14) és 27,5 mérésével. gramm bórsav (FW = 61,83), és mindkettő kb. 900 ml ionmentesített oldatban oldódik víz. Ezután adjunk hozzá 20 ml 0,5 M (moláris vagy koncentrációs) EDTA (pH = 8,0) EDTA-t és állítsuk be az oldatot 1 liter végtérfogatra. Ezt az oldatot szobahőmérsékleten tárolhatjuk, de csapadék képződhet régebbi oldatokban. A puffert üvegpalackokban tárolja és csapadék képződése után dobja el.
A TBE működő megoldása
Az agarózgél-elektroforézishez egy TBE puffert alkalmazhatunk 0,5x koncentrációban (a koncentrált anyag 1:10 hígítása). A törzsoldatot hígítsuk ionmentes vízben 10-szer. A végső oldott koncentráció 45 mM trisz-borát és 1 mmól (millimol) EDTA. A puffer készen áll a használatra agaróz gél futtatása.