TBE és TAE pufferként használják a molekuláris biológiában, elsősorban a elektroforézis nukleinsavak. A tri-puffereket enyhén bázikus pH-körülmények között használjuk, mint a DNS-elektroforézishez, mivel ez megtartja a DNS-t oldódik az oldatban és deprotonálódik, így vonzódik a pozitív elektródhoz és migrál egy a gél. EDTA az oldat egyik alkotóeleme, mivel ez a közös kelátképző szer védi a nukleinsavakat az enzimek általi lebontástól. Az EDTA kelát képezi azokat a kétértékű kationokat, amelyek a mintát szennyező nukleázok kofaktoraivá válnak. Mivel azonban a magnézium-kation a DNS-polimeráz és a restrikciós enzimek kofaktora, az EDTA koncentrációját szándékosan alacsonyan tartjuk (körülbelül 1 mM koncentráció).
Az oldatot nem kell sterilizálnia. Habár csapadék előfordulhat egy idő elteltével, a törzsoldat továbbra is használható. A pH-értéket beállíthatja egy pH-mérővel, és az oldatot cseppenként hozzáadhatja sósav (HCl). Nagyszerű, ha a TBE puffert szobahőmérsékleten tároljuk, bár érdemes lehet a törzsoldatot 0,22 mikronos szűrőn átszűrni, hogy eltávolítsuk a csapadékot elősegítő részecskéket.
5X vagy 10X törzsoldat véletlenszerű használata gyenge eredményeket eredményez, mivel annyi hőt termel. A rossz felbontás mellett a minta megsérülhet.
Bár a TBE és a TAE gyakori elektroforézis puffer, vannak egyéb opciók alacsony molárisságú vezetőképes oldatokhoz, beleértve lítium-borát-puffert és nátrium-borát-puffert. A TBE és a TAE problémája az, hogy a Trisz-alapú pufferek korlátozzák az elektroforézisben felhasználható elektromos mezőt, mivel a túl sok töltés miatt elfolyik a hőmérséklet.