Tekintettel arra, hogy manapság változatosak - közel 500 nemzetség közel 3000 elnevezett fajt tartalmaz -, még mindig meglepően keveset tudunk a kígyók végső eredetéről. Nyilvánvaló, hogy ezek a hidegvérű, csúszó, láb nélküli lények négylábú hüllő őseiből fejlődtek ki, akár kicsi, burjánzó, földi gyíkok (az uralkodó elmélet), vagy esetleg a tengeri hüllők családja hívott mosasaurusok ami körülbelül 100 millió évvel ezelőtt jelent meg a Föld tengerében.
A kígyók evolúciójának összegyűjtése
Miért van ilyen tartós rejtély a kígyó evolúciója? A probléma nagy része az, hogy a kígyók döntő többsége kicsi, viszonylag törékeny lények, s ezek még kisebbek is, még a törékenyebb ősöket a fosszilis nyilvántartásban hiányos maradványok, többnyire szétszórt részei képviselik csigolyák. A paleontológusok feltételezett kígyókőzményeket fedeztek fel 150 millió évvel ezelőtt, a késő jura időszakban, ám a nyomok annyira izzóak, hogy gyakorlatilag használhatatlanok. (További bonyolító ügyek, kígyószerű kétéltűek
az úgynevezett "aiszódok" megjelennek a fosszilis rekordokban több mint 300 millió évvel ezelőtt, a legjelentősebb nemzetség az Ophiderpeton; ezek nem voltak kapcsolatban a modern kígyókkal.) Az utóbbi időben azonban szilárd fosszilis bizonyítékok merültek fel Eophis esetében, egy 10 hüvelyk hosszú középső jura kígyóban, amely Angliában született.A krétakor korai kígyói
Mondanom sem kell, hogy a kígyó evolúciójának kulcseleme az volt, hogy ezen hüllők elülső és hátsó végtagjai fokozatosan elszáradtak. A kreacionisták azt állítják, hogy a fosszilis nyilvántartásban nincsenek ilyen "átmeneti formák", őskori kígyók esetében pedig rosszul haltak meg: a paleontológusok legalább négy különálló nemzetet azonosítottak, a krétakori időkig nyúlva, amelyet makacs, vestigiális hátulsó lábak. Furcsa módon ezek közül a kígyók közül háromot - Eupodophist, Haasiophist és Pachyrhachist - fedezték fel a Közel-Keleten, nem egyébként a fosszilis tevékenységek melegágya, míg egy negyedik, Najash, a világ másik oldalán, Délben élt Amerika.
Mit mutatnak ezek a kétlábú ősök a kígyó evolúciójáról? Nos, ezt a választ bonyolítja az a tény, hogy először fedezték fel a közel-keleti nemzetségeket - és mivel százban a vízbe merített geológiai rétegekben találtak őket, millió évvel ezelőtt a paleontológusok ezt bizonyítékul vették arra, hogy a kígyók egésze vízben lakó hüllőkből fejlődött ki, valószínűleg a késő krétakori karcsú, heves moszauruszokból időszak. Sajnos a dél-amerikai Najash majomkulcsot dob be ebbe az elméletbe: ez a kétlábú kígyó volt világosan földfelszíni, és a fosszilis rekordokban nagyjából egy időben jelenik meg a Közel-Keleten unokatestvérek.
Ma az az uralkodó vélemény, hogy a kígyók a korai krétakor egy még ismeretlen földlakó (és valószínűleg feltörekvő) gyíkjából fejlődtek ki. időszakban, valószínűleg egy "gyökérzsáknak" nevezett gyík. Manapság a varanidokat gyíkok (Varanus nemzetség) képviselik, a legnagyobb élő gyíkok a földön. Furcsa módon az őskori kígyók esetleg megcsókolták az ókori őskori monitor gyík unokatestvéreit. megalánia, melynek feje körül farkát körülbelül 25 lábnyira mérte, és két tonnát meghaladó tömegű!
A cenozói kor óriás őskori kígyói
Ha óriási monitor gyíkokról beszélünk, néhányról őskori kígyók szintén elérte a hatalmas méreteket, bár a fosszilis bizonyítékok ismét csalódottan meggyőzőek lehetnek. A közelmúltig a fosszilis nyilvántartásban szereplő legnagyobb őskori kígyót a megfelelő módon nevezték el Gigantophis, késő eocén egy szörnyeteg, amely fejtől farkig körülbelül 33 lábnyira volt, és fél tonnát is sújtott. Technikai szempontból a Gigantophist "madtsoiid" kígyónak tekintik, ami azt jelenti, hogy szorosan kapcsolódott a széles körben elterjedt Madtsoia nemhez.
A Gigantophis rajongók számára sajnos, ezt az őskori kígyót egy még nagyobb nemzetség fecskendezte be a lemezkönyvekbe még hűvösebb névvel: a dél-amerikai Titanoboa, melynek hossza több mint 50 méter volt, és elképzelhetően annyira súlyos, mint egy tonna. Furcsa módon, a Titanoboa a paleocén középső korszakából származik, körülbelül öt millió évvel a dinoszauruszok kihalása után, de millió évvel azelőtt, hogy az emlősök óriási méretekké fejlődtek. Az egyetlen logikus következtetés az, hogy ez az őskori kígyó ugyanolyan hatalmas őskori krokodilokra prédikált, amely forgatókönyv akkor várható el, amikor számítógépes szimulációval látja majd a jövőbeli TV-műsorokat; előfordulhat, hogy időnként keresztezi az ösvényeket az azonos ókori ősi teknősnél Carbonemys.