Az Unió katonáit elfoglalt körülmények a Konföderációban fennmaradtak Andersonville börtön szörnyűek voltak. A börtön működésének 18 hónapja alatt közel 13 000 uniós katona halt meg alultápláltság, betegség és az elemeknek való kitettség Andersonville parancsnoka embertelen bánásmódja miatt Henry Wirz. Tehát valóban nem meglepő, hogy háborús bűncselekmények Dél átadása utáni vádemelése a legismertebb per Polgárháború. De nem olyan közismert, hogy csaknem ezer másik katonai vádi eljárás indult a Konföderációban. Ezek közül soknak az elfogott uniós katonák rossz bánásmódja volt a következménye.
Henry Wirz
Henry Wirz 1864. március 27-én, körülbelül egy hónappal az első foglyok érkezése után, átvette az Andersonville-i börtön vezetését. Wirz egyik első cselekedete egy zsákutca-kerítésnek nevezett terület létrehozása volt, amelynek célja a biztonság növelése azáltal, hogy a fogvatartottakat távol tartják a stockade falától. Minden olyan foglyot, aki átlépte a „holtvonalat”, a börtönőrök lőtték le. Wirz parancsnok uralkodása alatt fenyegetéseket tett a foglyok sorban tartására. Amikor úgy tűnt, hogy a fenyegetések nem működnek, Wirz az őrizetet parancsnokságra utasította. Ban ben
1865. május, Wirzt Andersonville-ben letartóztatták és oda szállították Washington DC. hogy megvárja a tárgyalást. Wirzt megpróbálták elfogni a foglyul ejtett katonák megsebesítésére és / vagy megölésére azáltal, hogy helytelenül tiltják számukra az élelmiszerekhez, az orvosi ellátáshoz és a ruházathoz való hozzáférést. Gyilkossággal vádolták több fogoly személyes kivégzéséért is.Körülbelül 150 tanú vallomást tett Wirz ellen az 1865. augusztus 23. és október 18. közötti katonai tárgyaláson. Miután bűnösnek találták a vele szemben felhozott vádak miatt, Wirz halálra ítélték, és 1865. november 10-én felakasztották.
James Duncan
James Duncan volt az Andersonville börtön másik tisztje, akit szintén letartóztattak. Duncan-t, akit kineveztek a századmester irodájába, gyilkosságban ítélték el azért, hogy szándékosan visszatartotta a foglyokat. 15 év kemény munkára ítélték, de csak egy év büntetés után menekült el.
Champ Ferguson
A polgárháború kezdetén Champ Ferguson gazda volt Tennessee keleti részén. E térség lakosságának megoszlása meglehetősen egyenlő volt az Unió és a Konföderáció támogatása között. Ferguson gerilla társaságot szervezett, amely megtámadta és megölte az uniós szimpatizátorokat. Ferguson ezredesként cserkészként is járt John Hunt Morgan Kentucky lovassága, és Morgan Fergusont a Partizán Rangers kapitányának rangjába engedte. A Konföderációs Kongresszus elfogadta a „Partisan Ranger Act” elnevezésű intézkedést, amely megengedte a szabálytalanságok szolgálatba vételét. Meg kell jegyezni, hogy a partizán Rangers tábornokának a fegyelem hiánya miatt E. Robert Lee felszólította a törvény hatályon kívül helyezését a Konföderációs Kongresszus által 1864 februárjában. A katonai bíróság előtti tárgyalást követően Fergusont több mint 50 elfogott uniós katona meggyilkolásáért ítélték el. 1865 októberében lógtak kivégzésre.
Robert Kennedy
Robert Kennedy egy konfederációs tiszt volt, akit az uniós erők fogtak el, és a Johnson-szigeti katonai börtönben börtönbe vették. A börtön a Sandusky-öbölben található, amely az Erie-tó partján helyezkedik el, csupán néhány mérföldre az Ohio állambeli Sandusky-tól. Kennedy 1864 októberében elmenekült a Johnson-szigetről, és Kanadába indult - amely mindkét oldal felé semleges volt. Kennedy találkozott több konföderációs tisztviselővel, akik Kanadát használtak indítópadként az Unió elleni háborús akciók lefolytatására. Részt vett egy tervszobában, amely tüzet okozott számos szállodában, valamint egy múzeumban és egy színházban New Yorkban azzal a szándékkal, hogy túlterhelje a helyi hatóságokat. Az összes tüzet vagy gyorsan kioltották, vagy nem okoztak károkat. Kennedy volt az egyetlen, akit elfogtak. A katonai bíróság előtti tárgyalást követően Kennedyt 1865 márciusában letette.