A Java plugin a világ számos böngészőjében engedélyezve van, és ez teszi a rosszindulatú hackerek célpontjává. Bármely népszerű harmadik fél beépülő modulja ugyanolyan nemkívánatos figyelmet kap. A Java mögött álló csapat mindig komolyan vette a biztonságot, és igyekszik gyorsan frissítést kiadni a feltárt komoly biztonsági rések javításához. Ez azt jelenti, hogy a Java plugin problémáinak minimalizálására a legjobb módszer annak ellenőrzése, hogy a legfrissebb verzió naprakész-e.
Ha valóban aggódik a Java plugin biztonsága miatt, mégis meg kell látogatnia egy népszerű weboldalt (például egyes országokban az online banki szolgáltatások), amelyeknek engedélyezniük kell a Java plugint, akkor fontolja meg a két böngészőt trükk. Csak egy böngészőt (pl. Internet Explorer) használhat, ha a Java plugin használatával kívánja használni a webhelyeket. A fennmaradó időben használjon másik böngészőt (például Firefox), de a Java plugin le van tiltva.
Alternatív megoldásként előfordulhat, hogy nem olyan gyakran látogat el webhelyet, amely Java-t használ. Ebben az esetben előnyben részesítheti a Java plugin letiltásának és engedélyezésének lehetőségét. Az alábbi utasítások segítenek a böngésző beállításában a Java plugin letiltásához (vagy engedélyezéséhez).