A Cilia és a flagella magja mikrotubulusokból áll, amelyek kapcsolódnak a plazma membrán és elrendezve úgynevezett a 9 + 2 minta. A mintát úgy nevezték el, mert kilenc mikrotubulus-páros készletből (dublettből) álló gyűrűből áll, amelyek két szinguláris képet vesznek körül mikrotubulusok. Ezt a mikrotubulus köteget 9 + 2 elrendezésben an-nak nevezzük axoneme. A cilia és a flagella alapja módosítva van a sejthez csatlakoztatva centriole az úgynevezett struktúrák alaptestek. A mozgás akkor fordul elő, amikor az axoneme kilenc páros mikrotubulus-készlete egymáshoz csúszik, és a csíra és a szárhártya meghajlik. A motoros protein dynein felelős a mozgáshoz szükséges erő létrehozásáért. Az ilyen típusú szervezet megtalálható a legtöbb eukarióta ciliában és flagella-ban.
A ciliák és a hüvely elsődleges funkciója a mozgás. Ezek az eszközök segítségével sok mikroszkopikus egysejtű és többsejtű organizmus mozog helyről a másikra. Ezek közül az organizmusok közül sok vizes környezetben található, ahol a ciliák verésével vagy a flagella ostorszerű hatásával hajtják meg őket.
egysejtűek és baktériumokezeket a struktúrákat például felhasználhatja arra, hogy egy inger (étel, fény) felé mozogjon, egy ingertől (toxin) távol legyen, vagy hogy általános helyzetben tartsa helyzetét. Magasabb organizmusokban a ciliót gyakran használják az anyagok kívánt irányba történő meghajtására. Egyes ciliák azonban nem mozgásban, hanem érzékelésben működnek. Primer cilia, találtak néhányban szervek és az edények érzékelik a környezeti feltételek változásait. Sejtek, amelyek a falakat bélelik véredény példázza ezt a funkciót. A véredény endotélsejtekben az elsődleges csíra figyeli a vér átfolyik az edényeken.Mind a ciliák, mind a flagella számos megtalálható sejttípusok. Például a sperma sok közül állatok, algák, és még a páfrányoknak is flagella van. A prokarióta organizmusok is tartalmazhatnak egy vagy több flagellumot. Például egy baktériumnak lehet: egy flagellum, amely a sejt egyik végén helyezkedik el (montrichous), egy vagy több flagella található a sejt mindkét végén a sejt (amfitrikus), a sejt egyik végén több szárnyas (lophotrichous), vagy a sejt körül eloszlatott flagella (Peritrich). A Cilia olyan területeken található, mint a légutak és női reproduktív traktus. A légzőrendszerben a cilia segít megtisztítani a port, baktériumokat, pollen, és más törmelék a tüdő. A nőstény reproduktív traktusban a cilia segít a sperma seprésében a méh irányába.