A sok választás közül ez az öt folt a leggyakoribb, kezdve az etidium-bromiddal, amely a legszélesebb körben alkalmazott. Ezzel a folyamattal együtt fontos nem csak a foltok közötti különbségek ismerete, hanem a bennük rejlő egészségügyi kockázatok is.
Az etidium-bromid valószínűleg a legismertebb festék, amelyet a DNS megjelenítéséhez használnak. Használható a gélkeverékben, az elektroforézis pufferben, vagy a gél festésére a futtatása után.
A festék molekulái ragaszkodnak a DNS-szálakhoz és UV-fényben fluoreszkálnak, pontosan megmutatva, hogy hol vannak a sávok a gélben. Előnye ellenére hátránya, hogy az etidium-bromid potenciális rákkeltő anyag, ezért nagyon óvatosan kell kezelni.
Az SYBR aranyfesték felhasználható kettős vagy egyszálú DNS vagy RNS festésére. A SYBR Gold az etidium-bromid első alternatívájaként lépett fel a piacra, és érzékenyebbnek tekinthető.
Mivel a nem megkötött molekula fluoreszcenciája olyan alacsony, ezért a lerakódás nem szükséges. Az engedélyes molekuláris szondákat (az SYBR Gold bevezetése óta) kifejlesztettek és forgalmaztak SYBR Safe és SYBR Green rendszereket is, amelyek biztonságosabb alternatívái az etidium-bromidnak.
A SYBR Green I és II foltokat (ismét a Molecular Probes forgalmazza) különböző célokra optimalizálják. Mivel kötődnek a DNS-hez, továbbra is potenciális mutagéneknek tekinthetők, és ezért óvatosan kell kezelni őket.
SYBR Green I több érzékeny kettős szálú DNS-hez való felhasználásra, míg a SYBR Green II viszont az legjobb egyszálú DNS-sel vagy RNS-sel történő felhasználásra. Mint a népszerű etidium-bromid-folt, ezek a nagyon érzékeny foltok UV fényben fluoreszkálnak.
A gyártó mind az SYBR Green I, mind a II jelzést egyaránt ajánlja "254 nm-es Polaroid 667 fekete és fehér film és egy SYBR Green gélfestő fotószűrő "100 pg RNS vagy egyszálú DNS kimutatására Zenekar.
Az SYBR Safe-t úgy tervezték, hogy biztonságosabb alternatíva legyen az etidium-bromid és más SYBR-foltok számára. Nem tekinthető veszélyes hulladéknak, és általában a szokásos szennyvízcsatornákon keresztül (azaz a csatornába engedve) ártalmatlaníthatók, mivel a toxicitási vizsgálatok azt mutatják, hogy nincs akut toxicitás.
Tesztelés is azt jelzi kevés vagy nincs genotoxicitás a szíriai hörcsög embrionális (SHE) sejteken, emberi limfocitákon, egér limfóma sejteken, vagy az AMES tesztben megfigyelték. A folt kék fényt alkalmazó transzluminátorral használható, amely kevesebb kárt okoz a láthatóvá váló DNS-ben, és jobb hatékonyságot kínál a későbbi klónozáshoz.
Ez is jó választás, ha alacsony olvadáspontú géleket használ a DNS visszanyerésére. Nagyon stabil magas hőmérsékleten, önmagában nagyon alacsony fluoreszcenciával rendelkezik, de DNS-hez kötődve erősen fluoreszcens. Eva Greenről szintén kimutatták, hogy nagyon csekély vagy nincs citotoxicitása, vagy mutagén.